Mendoza chuyển đến Barinas từ Caracas vào cuối năm 1796, nơi ông kết hôn với Juana Mendez Mendoza Briceño. Ông ta góa vợ ngay sau đó, và vào đầu thế kỷ XIX, anh ta đã tái hôn Maria Regina Montilla ở Pumar, một mối quan hệ của Jose Ignacio of Pumar. Ông đã góa vợ lần thứ hai vào năm 1810. Vào ngày 14 tháng 8 năm 1811, Mendoza kết hôn lần thứ ba với Gertrudis Buroz Tovar.[2] Mendoza đã có 17 đứa trẻ.

Hai người cháu của ông đã di cư đến Cuba dưới sự cai trị của Tây Ban Nha và chiến đấu vì độc lập của hòn đảo trong Chiến tranh Mười năm (1868 -1878) là Cristóbal Mendoza Durán, người từng là nhà báo ở Camagüey, sau đó gia nhập Quân đội Giải phóng và Carlos Manuel de Cespedes đã được bổ nhiệm làm Bộ trưởng Ngoại giao của chính phủ đầu tiên của Cộng hòa Cuba. Anh trai Tomás của ông, người cũng là một nhà báo và là người trong hàng ngũ, người đóng vai trò là trợ lý thư ký của Tướng Manuel de Quesada. Cả Cristóbal và Tomás Mendoza đã cống hiến cuộc sống của họ trên chiến trường Cuba.

Những hậu duệ khác của Cristobal Mendoza bao gồm Eugenio Mendoza, Eduardo Mendoza Goiticoa, Lorenzo Mendoza và Leopoldo López.